Bereits in den 1950er Jahren erkannte Arnold Bergstraesser die Tendenzen eines Zusammenwachsens der Welt und die damit verbundene zunehmende Bedeutung der Länder Afrikas, Asiens, Lateinamerikas und des Nahen Ostens als wichtige Partner für eine internationale wirtschaftliche und politische Zusammenarbeit. Zur vertieften Auseinandersetzung mit diesen Ländern gründete er 1960 die „Arbeitsstelle für kulturwissenschaftliche Forschung“. Zuwendungen des Auswärtigen Amtes ermöglichten zahlreichen Doktorand*innen die Anfertigung empirischer Forschungsarbeiten und dem Institut den Aufbau einer Fachbibliothek.
Nach dem Tod Bergstraessers 1964 wurde die Arbeitsstelle in ein nach ihm benanntes Institut umgewandelt und von der Landesregierung Baden-Württemberg fest etatisiert. Dieter Oberndörfer wurde Direktor des Arnold-Bergstraesser Instituts, ab 1972 gemeinsam mit Theodor Hanf. Im Frühjahr 1978 bezog das Institut sein eigenes, aus Mitteln der Volkswagenstiftung errichtetes Institutsgebäude im Westen Freiburgs.
Als Aufgabenbereiche wurden die Grundlagenforschung zu Politik, Gesellschaft und Kultur überseeischer Staaten, die angewandte Forschung und Politikberatung sowie die Aus- und Weiterbildung von Fach- und Führungskräften im Bereich der Entwicklungszusammenarbeit definiert. Das Institut betreibt dabei keine flächendeckenden area studies, sondern verbindet die vertieften Regionalkenntnisse mit aktuellen übergreifenden Forschungsfragen. Vergleichende empirische Sozialforschung ist ein Markenzeichen des Arnold-Bergstraesser-Instituts.
In den 1960er und 1970er Jahren stand eine Auseinandersetzung mit modernisierungstheoretischen Annahmen und Fragen der Universalisierbarkeit von Konzepten wie Staat, Demokratie oder Menschenrechte im Vordergrund. Insbesondere die Bildungs- und Verwaltungssysteme von Ländern des Südens waren Forschungsgegenstand zahlreiche Studien. Ein weiteres Forschungsfeld stellten ethnische und religiöse Konflikte und ihre Regelungsmöglichkeiten dar.
Mit dem Ende des Kalten Krieges, der zunehmenden Globalisierung und dem Wiederaufstieg des Südens rückten neue Themen in den Mittelpunkt des Forschungsinteresses. Fragen der Demokratisierung, der Migration, der Globalisierung und Regionalisierung von politischen, wirtschaftlichen und gesellschaftlichen Prozessen sowie damit verbundener Konflikte wurden untersucht. Good Governance als normatives Leitmotiv fand sich auch in den Projekten des Instituts wieder.
2001 trat Jürgen Rüland die Nachfolge von Dieter Oberndörfer als Direktor des Instituts an. Nach dem Ausscheiden von Theodor Hanf und Jürgen Rüland 2007 übernahm der langjährige Geschäftsführer Heribert Weiland die Institutsleitung. Ihm folgte Reinhart Kößler.
Die seit jeher bestehende enge Verbindung zur Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, insbesondere zum Seminar für wissenschaftliche Politik, wurde 2008 mit einem Kooperationsvertrag schriftlich fixiert. 2014 wurde dieser erweitert und die Leitung des Instituts mit einer neu geschaffenen Professur für Entwicklungspolitik und Entwicklungstheorie an der Universität Freiburg verbunden. 2015 wurde in einem gemeinsamen Berufungsverfahren mit der Universität Andreas Mehler zum Direktor des Arnold-Bergstraesser-Instituts ernannt.
Siehe auch: Dieter Oberndörfer: Zur Geschichte des Arnold-Bergstraesser-Instituts. Freiburg 2011.